Plotseling zijn 140 miljoen mensen van de aardbodem verdwenen. De reden voor dit plotse vertrek is onbekend, en ook weet niemand of de Vertrokkenen ooit weer terug zullen komen. The Leftovers volgt de mensen die achterbleven en laat zien hoe die gebeurtenis van 14 oktober hun leven veranderde. In dit seizoen komen de gezinnen van Garvey en Murphy samen in hun wanhopige zoektocht naar een verklaring voor het onverklaarbare. Wat wel duidelijk is, is dat er iets groots staat te gebeuren, als een soort afsluiting van het Plotse Vertrek dat jaren eerder hun wereld drastisch veranderde.
Na de staatsgreep van het Chileense leger in 1973 wordt een jonge Duitse kunstenaar gevangen gezet in 'Colonia Dignidad'. Zijn vriendin doet zich voor als bekeerlinge om hem te helpen ontsnappen.
Een handelaar in oude boeken gaat in opdracht op zoek naar de enige overgebleven exemplaren van het zeventiende-eeuwse boek 'De negen poorten van het Schaduwrijk', dat zijn gebruiker in staat zou stellen de duivel op te roepen
Een getrouwde man, lid van de mennonietengemeenschap in Noord-Mexico, wordt verliefd op een andere vrouw. Hij vecht tegen zijn gevoelens: moet hij zijn vrouw verraden of zijn ware liefde offeren?