Op 1 november 1755 wordt Lissabon getroffen door een zware aardbeving. Maria, de 13-jarige dochter van een bordeelhoudster, ontsnapt op het nippertje aan de dood. Ze wordt opgevangen door Richard en Thérèse, vrijdenkers in de ban van de prille Verlichting, die haar verzorgen, haar leren lezen en schrijven en vooral nadenken. Ze komt er in contact met ideeën van vrijdenkende filosofen als Spinoza en Diderot en helpt bij de verspreiding van verboden literatuur. Maar in heel de stad is de Inquisitie fanatiek op zoek naar ketters en vrijdenkers.