Het 10-jarige wonderkind T.S. Spivet verlaat zijn ouderlijk huis in Montana om aan een lange reis door de Verenigde Staten te beginnen naar het gerenommeerde Smithsonian Institution waar hij een prijs voor een uitvinding in ontvangst mag nemen.
Een 4-jarig meisje woont met haar moeder in een vervallen huis op het platteland. Wanneer op een dag haar moeder verdwenen is, moet ze zich alleen redden.
In 1941 bezetten Duitse en Bulgaarse troepen de stad Skopje. Een ongeveer 11-jarige jongen, wiens moeder huishoudster wordt bij een Duitse officier, is getuige van de gebeurtenissen.