Ondanks zijn geheugenverlies probeert Jason Bourne, op zijn huid gezeten door een Russische vijand, een geheim genootschap dat streeft naar wereldheerschappij onschadelijk te maken.
Jason Bourne, die aan amnesie en rouwreactie lijdt, wordt verdacht van een aantal moorden en om zijn naam te zuiveren moet hij een geheime anarchistische groep ontmaskeren.
Bourne bevrijdt zijn vriend uit handen van terroristen maar beseft dat hij daarmee de vijand een uitstekende positie binnen de Amerikaanse veiligheidsdienst geeft.
Jason Bourne heeft nog maar een doel: wraak nemen voor de moord op Rebeka en daarvoor moet hij via Israe͏̈l en China naar Mexico en uiteindelijk weer terug naar China.
Een Amerikaanse geheim agent komt een door moslims geplande terroristische aanval op het Empire State Building op het spoor en ontdekt gaandeweg dat de daders nog veel meer van plan zijn.
Jason Bourne, de voormalige CIA-agent met geheugenverlies wordt gezocht door de nieuwe held genaamd Aaron Cross die dankzij de pilletjes van het geheime The Program in staat is tot grootse acties.
Voormalige CIA-agent Jason Bourne heeft zijn geheugen terug en leidt een teruggetrokken leven. Toch komt hij weer in actie om kwesties uit zijn verleden uit te zoeken.