7 juni 1692. Het leven in Port Royal, Jamaica, wordt letterlijk door elkaar geschud wanneer een enorme aardbeving, gevolgd door een tsunami, de stad met de grond gelijk maakt. De helft van de havenstad verdwijnt voorgoed onder water, ook de synagoge waaronder een fabelachtige piratenschat verborgen ligt. De directeur van het WITCH, een school voor superbegaafde kinderen, stuurt zijn leerling Harry naar het verleden, op zoek naar de schat.