Jason Bourne, de voormalige CIA-agent met geheugenverlies wordt gezocht door de nieuwe held genaamd Aaron Cross die dankzij de pilletjes van het geheime The Program in staat is tot grootse acties.
Voormalige CIA-agent Jason Bourne heeft zijn geheugen terug en leidt een teruggetrokken leven. Toch komt hij weer in actie om kwesties uit zijn verleden uit te zoeken.