Ondanks zijn geheugenverlies probeert Jason Bourne, op zijn huid gezeten door een Russische vijand, een geheim genootschap dat streeft naar wereldheerschappij onschadelijk te maken.
Jason Bourne, die aan amnesie en rouwreactie lijdt, wordt verdacht van een aantal moorden en om zijn naam te zuiveren moet hij een geheime anarchistische groep ontmaskeren.
Wanneer Jason Bourne in Zweden een man die aan geheugenverlies lijdt, redt uit het ijskoude water, beseft hij dat deze een huurmoordenaar voor een conglomeraat van terroristen is.
Jason Bourne heeft nog maar een doel: wraak nemen voor de moord op Rebeka en daarvoor moet hij via Israe͏̈l en China naar Mexico en uiteindelijk weer terug naar China.
Jason Bourne, de voormalige CIA-agent met geheugenverlies wordt gezocht door de nieuwe held genaamd Aaron Cross die dankzij de pilletjes van het geheime The Program in staat is tot grootse acties.
