Jason Bourne, de voormalige CIA-agent met geheugenverlies wordt gezocht door de nieuwe held genaamd Aaron Cross die dankzij de pilletjes van het geheime The Program in staat is tot grootse acties.
Jason Bourne, die aan amnesie en rouwreactie lijdt, wordt verdacht van een aantal moorden en om zijn naam te zuiveren moet hij een geheime anarchistische groep ontmaskeren.
Voormalige CIA-agent Jason Bourne heeft zijn geheugen terug en leidt een teruggetrokken leven. Toch komt hij weer in actie om kwesties uit zijn verleden uit te zoeken.