Jurist Cotton Malone, gewezen special agent bij het Amerikaans ministerie van Justitie,wordt gedwongen om zijn rustige bestaan als boekhandelaar in Kopenhagen te onderbreken om een mysterie uit de Bijbel te ontsluieren. Zijn zoon Gary is ontvoerd en de ontvoerders eisen dat Cotton binnen 72 uur de naam geeft van degene die hen naar de geheime bibliotheek van Alexandrië kan leiden, waar de oorspronkelijke Hebreeuwse tekst van het Oude Testament ligt die de wereldvrede bedreigt. Doet hij dat niet, dan wordt Gary gedood.
In Alexandrie͏̈ in de vierde eeuw na Chr. bekeert een slaaf zich tot het Christendom in de hoop dat dit zijn vrijheid zal brengen. Hij wordt echter verliefd op zijn meester, de beroemde vrouwelijke filosofieprofessor en athei͏̈st Hypatia van Alexandrie͏̈
