Vele Evo's, mensen met bijzondere krachten, zijn gevlucht of ondergedoken omdat zij verantwoordelijk gesteld werden voor een aanslag. Desondanks zijn het de Evo's die de mensheid van de ondergang kunnen redden.
De FBI-agenten Fox Mulder en Dana Scully proberen een aantal onopgeloste en onverklaarbare FBI-zaken op te lossen. Mulder gelooft in het paranormale, terwijl zijn partner Scully de verschijnselen wetenschappelijk benadert.
Astronaut Charles 'Chuck' Baker landt met zijn ruimteschip op Planeet 51. De bewoners van de planeet leggen beslag op het ruimteschip en maken jacht op Chuck, maar gelukkig vindt hij ook vrienden
