CIA-agente Carrie Mathison onderzoekt nog steeds Nicholas Brody, een Marine Sergeant die pas is teruggekeerd uit Irak na acht jaar krijgsgevangenschap bij Al Qaida, terwijl hij ook haar minnaar is.
Een Amerikaanse onderzeeër wordt aangevallen door een andere Amerikaanse onderzeeër. De bemanning zoekt haar toevlucht op een tropisch eiland en probeert te achterhalen wat er gaande is