Jurist Cotton Malone, gewezen special agent bij het Amerikaans ministerie van Justitie,wordt gedwongen om zijn rustige bestaan als boekhandelaar in Kopenhagen te onderbreken om een mysterie uit de Bijbel te ontsluieren. Zijn zoon Gary is ontvoerd en de ontvoerders eisen dat Cotton binnen 72 uur de naam geeft van degene die hen naar de geheime bibliotheek van Alexandrië kan leiden, waar de oorspronkelijke Hebreeuwse tekst van het Oude Testament ligt die de wereldvrede bedreigt. Doet hij dat niet, dan wordt Gary gedood.
Beschrijving van de reis van de gedeserteerde Britse soldaat Charles Masson van India naar Afghanistan, die daar in 1833 een verloren gewaande Griekse stad ontdekte die dateerde uit de periode van Alexander de Grote.
Een Egyptische man sterft in Alexandrië. Hij emigreerde ooit naar Europa vanwege de liefde voor een Joods meisje. Zijn zoon probeert tevergeefs niet te denken aan de man die hem ooit verliet.
Een Engelse schrijver in het Alexandrië van de jaren veertig krijgt het manuscript terug waarin hij zijn verhoudingen met de Joodse vrouw van een rijke Koptische bankier en een cafédanseres heeft opgetekend. Het commentaar op het manuscript geeft een geheel nieuwe kijk op de gebeurtenissen.
In Alexandrie͏̈ in de vierde eeuw na Chr. bekeert een slaaf zich tot het Christendom in de hoop dat dit zijn vrijheid zal brengen. Hij wordt echter verliefd op zijn meester, de beroemde vrouwelijke filosofieprofessor en athei͏̈st Hypatia van Alexandrie͏̈
Een jonge vrouw vlucht na de dood van haar moeder, die weigerde te zwichten voor het nieuwe geloof, naar Alexandrie͏̈. Hier ontmoet ze haar ware doch kortstondige liefde, voordat zij Egypte voorgoed zal verlaten.
