In een post-apocalyptische wereld komt de 16-jarige Thomas vanuit een duistere lift terecht in een megagroot doolhof. In het midden van de doolhof wonen enkele tientallen jongens die er een bestaan opbouwen en tegelijkertijd op zoek zijn naar een ontsnappingsroute uit het labyrint. Door de combinatie van vage herinneringen uit Thomas' vroegere leven en zijn lef om samen met de zogenaamde renners de doolhof te verkennen, ook wanneer de monsterlijke Grievers er 's nachts ronddolen, komt de zoektocht in een stroomversnelling.
Het doolhof was slechts het begin voor Thomas, Minho, Teresa en Newt. Ze zijn nu ontsnapt uit het doolhof en gaan op zoek naar aanwijzingen over het mysterieuze plan van WCKD. De zoektocht brengt ze naar de Scorch, een verlaten stuk land met ondenkbare gevaren. De Gladers blijken niet de enigen te zijn die vechten tegen WCKD. Samen met een nieuwe groep, het verzet, proberen ze WCKD uit te schakelen.
