Dans son testament, Grace Cahill, la grand-mère de Dan et Amy, leur lègue l'énigme des 39 clés sous la forme d'un jeu de piste qui les met en concurrence avec d'autres membres de la famille. Un indice les mène sur les traces de Richard Saunders, qui a écrit un almanach sous le pseudonyme de Benjamin Franklin. A la bibliothèque de Philadelphie, un message de Franklin les incite à se rendre à Paris.
Amy découvre en Autriche un indice caché dans le journal de Nannerl Mozart, la soeur du compositeur, et s'oppose au clan Janus des Cahill, avec la complicité d'Alistair Oh, du clan Ekaterina.
Pour mettre toutes les chances de leur côté, Dan et Amy décident cette fois de s'allier avec leur oncle Alistair Oh. Ensemble ils embarquent, pour le Japon. Une fois sur place, ils filent à la bibliothèque nationale pour suivre, une première piste : décrypter le message inscrit les sabres découverts à Venise
Amy et Dan ont enfin découvert l'identité du Banni. Un dernier défi les attend : leur ennemi va reproduire l'explosion nucléaire de Tchernobyl ! Pour l'en empêcher, les jeunes Cahill enquêtent sur son passé. Pourquoi le Banni a-t-il déclenché ces catastrophes ? Et pourquoi veut-il se venger de sa famille ?
