Bourne's achtervolging van de moordenaar Lennon, die geheimen heeft over zijn veleden, plaatst hem uiteindelijk tegenover een organisatie die de kracht van hackers en desinformatie wil inzetten om politieke en sociale resultaten te boeken.
Jason Bourne, die aan amnesie en rouwreactie lijdt, wordt verdacht van een aantal moorden en om zijn naam te zuiveren moet hij een geheime anarchistische groep ontmaskeren.
FBI-agent Jake Cole reist af naar zijn geboorteplaats Montauk, waar zijn vader, een bekende kunstschilder, begint te dementeren. Hij wordt betrokken bij het onderzoek naar een plaatselijke moord, die herinneringen oproept aan de moord op zijn moeder, drie decennia eerder. Ondertussen bedreigt een orkaan het kustdorpje.
Jason Bourne wordt opgeroepen om een beruchte moordenaar die hem al eerder heeft gedwarsboomd te stoppen, waarbij lang verborgen geheimen komen bovendrijven.
