In de toekomst is de aarde onherkenbaar veranderd en maakt Jack Harper deel uit van een enorme operatie. Hun missie is om de laatste cruciale grondstoffen te delven na tientallen jaren oorlog tegen de angstaanjagende vijand, genaamd the Scavs. Het leven van Jack verandert plotseling als hij een prachtige onbekende vrouw redt uit een neergestort ruimteschip. Dit leidt tot een reeks gebeurtenissen die vragen oproept over zijn bestaan, waarbij het lot van de mensheid in zijn handen komt te liggen.
Begin jaren zestig ten tijde van het Tweede Vaticaans Concilie worstelt een novice met haar geloof, haar seksualiteit en de veranderingen binnen de katholieke kerk.